Перевыпуск ЭЦП не отменяет действие предыдущих ЭЦП.
Если есть вариант, что предыдущие ключи могут попасть в чужие руки, нужно провести процедуру отзыва раннее выпущенных ключей, иначе они прекратят действие только по окончанию срока действия.
ЭЦП РК состоит из двух ключей, ключ аутентификации AUTH_RSA и ключ подписи RSA либо GOST.
В Личном кабинете на сайту НУЦ отображается пара ключей каждой выпущенной ЭЦП.
Возможно могут отображаться и "не выпущенные ЭЦП" (нужно проверить), т.е. случай, когда подали заявку через сайт, но в ЦОН не обратились, возможно это ваш случай, почему отображается 4 предыдущих ключа, а не два. Но может вы действительно проводили процедуру выпуска два раза.
Процедура отзыва ключей ЭЦП показана в - данной статье.