В корне системного диска лежит файл boot.ini, в данном файле хранится информация (текстом), с какого жесткого диска, с какого номера раздела выполнять загрузку операционной системы.
Так же доступ к настройкам загрузки можно осуществить командой msconfig.
Не рекомендую пытаться править файл boot.ini без наличия какого-либо загрузочного диска (WindowsPE), который в случае неправильных действий, позволил бы изменить файл boot.ini без загрузки системы.
В общем порядок загрузки изменять в этом файле, но при неправильном указании раздела или диска, загрузитесь с другого диска чтобы изменить содержимое boot.ini.